民國七十九年九月二十日本院第三次院務會議通過「中央研究院研究所(處)、研究中心學術諮詢委員會暨學術諮詢總會組織規程」，並於民國八十年四月十八日第一次院務會議修正後實施。學術諮詢總會於八十年八月一日正式成立，首任主任委員為李崇道副院長；執行秘書為張崑雄研究員。組織規程為符實務運作，業經民國一一一年十月六日本院第四次院務會議通過修正，名稱並修正為「中央研究院各學術諮詢委員會及學術諮詢總會組織規程」。
依現行規定，學術諮詢總會由各學術諮詢委員會推薦委員若干人為總會委員，並由院長自各學術諮詢委員會推薦人選中分別遴聘一人，各學組副院長以及延聘院內外專家若干人（任期三年，得連任）共同組織之，直屬於院長。學術諮詢總會置主任委員一人，由院長聘請副院長之一兼任，目前由周美吟副院長兼任；置副主任委員二人，由院長聘請另二位副院長兼任，目前由唐堂副院長及彭信坤副院長兼任。總會設置常務委員會，由院長就總會委員中聘任七人至十三人為常務委員。
學術諮詢總會置執行秘書一人，承主任委員、副主任委員之指示，專責辦理本會業務之研擬與執行，目前由生物化學研究所特聘研究員邱繼輝博士兼任；副執行秘書設置二人或三人佐理之，分別由應用科學研究中心研究員李超煌博士、基因體研究中心研究員張典顯博士，及近代史研究所研究員呂妙芬博士兼任。